Si actualizaste a Rails 2.3 y estas obteniendo este mensaje de error:

uninitialized constant ApplicationController

solo tenés que renombrar application.rb a application_controller.rb tal es el nuevo nombre que rails 2.3 le da. Tambien podés hacerlo ejecutando:

rake rails:update:application_controller

Para todos aquellos preocupados por la horrible apariencia de Netbeans corriendo en Linux les recomiendo que instalen el módulo Substance. Eso mejora bastante las cosas, aunque tiene algunos pequeños detalles.

Este es un exhaustivo artículo acerca de Substance:Customizing the Look and Feel of the Netbeans IDE
Pueden bajar el módulo desde acá