Si te sucede que te olvidaste de incluir la línea necesaria para ingnorar los archivos de backup en el archivo .gitignore y necesitas eliminar todos los archivos de backup de repositorio. Podes hacerlo con el siguiente comando:

find ./ -name '*~' | xargs git-rm

Luego, definitivamente agregá la línea

*~

al archivo .gitignore y hacé el commit de los cambios

git add .gitignore
git commit -m "Se borraron los archivos de Backup"

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